Кафедра інженерної екології створена у 1946 році як кафедра гірничої справи. Вона була першою на організованому в той час гірничому факультеті Київського політехнічного інституту і мала за мету підготовку фахівців для гірничої промисловості України, яка після війни потребувала корінної відбудови, особливо у нових перспективних західних регіонах України.
У 1948 році кафедру перейменували на кафедру розробки родовищ корисних копалин. Нова назва більше відповідала напряму навчальної роботи і проіснувала до 1963 року. Kафедра розробки родовищ корисних копалин виконувала не лише функції випускаючої, але й забезпечувала гірничо-технологічну підготовку студентів інших кафедр факультету: шахтного будівництва, гірничої електромеханіки, геології.
У 1958-1963 роках відбулося об’єднання з кафедрою гірничих машин і рудникового транспорту та перейменування новоутвореної кафедри в кафедру технології та механізації гірничих робіт. Вцілому період 1946-1960 років характеризується формуванням науково-педагогічного колективу кафедри, започаткуванням та розвитком наукової школи, зміцненням зв’язків кафедри з гірничовидобувною промисловістю, науковими та проектними організаціями, вищими навчальними закладами країни, нарешті, створенням тієї педагогічної та наукової атмосфери кафедри, що притаманна Київському політехнічному інституту.
З кінця 60-х років наукові дослідження виконувались для шахт вугільних розрізів, кар’єрів видобутку будівельних матеріалів, будівельних організацій. Діапазон цих організацій невпинно розширювався: трести «Павлоградвугілля», «Нововолинськвугілля», «Шахтарськантрацит», «Донецькантрацит», «Луганськвугілля», «Приморськвугілля», «Александріявугілля», «Камчаткаелектромережбуд», Колимська ГЕС, «Тюменьнафтогаз» та інші. Тоді ж сформувалися наукові напрями кафедри: створення ефективних технологій та схем механізації гірничих робіт; створення систем управління технологічними процесами; вивчення фізико-механічних властивостей гірських порід та створення інструменту для їх руйнування. У наступні роки спектр наукових пошуків розширився, що сприяло зміцненню аспірантури кафедри за спеціальностями: «Підземна розробка родовищ корисних копалин», «Відкрита розробка корисних копалин», «Гірничі машини».
У 1991 році кафедру перейменовано на кафедру геотехнології та інженерної екології. Цей період діяльності кафедри характеризується створенням філій кафедри у ВО «Граніт», «Київнерудпром» та «Закарпатнерудпром», в Інституті гідромеханіки АН України, випусками гірничих інженерів заочної форми навчання для підприємств промисловості будівельних матеріалів. Структурні зміни, що торкнулися кафедри, позитивно позначились на характері навчальної та наукової роботи, яка більше зосередилась на технологічних та екологічних напрямах.
Зміцненню екологічного напряму сприяло створення у 1995 році міжгалузевої навчальної та наукової екологічної лабораторії Міносвіти, Мінвуглепрому та Державної корпорації «Укрбудматеріали». У 1995 році відкрито спеціальність «Екологічні технології та обладнання в гірництві». Навчання на кафедрі здійснювалось за трьома спеціальностями: «Екологічні технології та обладнання в будівництві», «Відкриті гірничі роботи», «Технологія та обладнання видобутку будівельних гірських порід» із рядом спеціалізацій. У 1996 році відбувся перший випуск бакалаврів гірництва в системі трьохступеневої підготовки: бакалавр, спеціаліст, магістр.
У 2000 році кафедру геотехнології та інженерної екології перейменовано на кафедру інженерної екології. Змінюється профіль підготовки фахівців, починається перехід на нову спеціальність – «Екологія та охорона навколишнього середовища». Попри значні складнощі, пов’язані, в першу чергу, з удосконаленням навчально-методичного забезпечення та формуванням нової тематики дипломних робіт, вдалось зберегти висококваліфіковані кадри, що здатні вирішувати поточні завдання і працювати на перспективу.
У грудні 2011 року завідувачем кафедри одноголосно обирається проф. Ткачук Костянтин Костянтинович. З 2016 року кафедра здійснює набір за спеціальністю 101 «Екологія», спеціалізація «Інженерна екологія та ресурсозбереження».
